“当年误习旁行书，举世相视如髦蛮。”深深的挫折感围绕着他，他不明白自己为什么始终不得志，并把这一切都归结到自己未走科举仕途之路。其实，怀才不遇的原因是多方面的，究其主要还是三千年封建科举制度本身对人们思想上的禁锢，而严复其时对封建制度的主张是渐进式改良，而不是彻底的革命，所以他在认识上是有限的，始终未能走出旧式科举的怪圈。

在怀才不遇与几番科考失败的挫折下，严复竟然染上了鸦片。或许是为了寻求一种精神上的解脱，但这对于他而言无异于是堕落。在1889至1890年，严复与四弟的信中说道“兄吃烟事，中堂亦知之，云：‘如此人才，吃烟岂不可惜！此后当仰体吾意，想出法子革去’。中堂真可感也”。（《严复集》）可见，连李鸿章也为他抽鸦片之事而感到十分惋惜。后来，当他终于意识到鸦片的危害之后，才痛心疾首悔不当初。

1889年，严复36岁，他连捐带保，才好不容易有了“选用知府”的官衔。这样，他才被李鸿章升为该校会办（相当于副校长）。次年，严复终于被提升为总办，并由选用知府升为选用道员。就这样，他开始以一个四品官衔的北洋水师学堂总办身份，慢慢地为京、津一带的官僚所熟悉。但面对整个腐朽的清廷，区区总办又能如何呢？这离他施展救国治国的远大抱负远远不够。在此期间，他的母亲陈氏与妻子王氏相继去世，中年失偶，加之国事蜩螗，自己又怀才不遇，用心亦苦，神力交瘁。这年，他娶了年仅15岁的福州女子江莺娘为妾。她后来为严复生下二子（1893年生，1897年生琥）、一女（璸，1899年生）。所有了解严复生活的人都知道他有一个脾气不太好的恃妾。莺娘不识字，个性内向寡言、脾气亦欠佳。而严复是一个恃才自傲之人，“气性太涉狂易”（据郭嵩焘的记载）。显见，两者脾气并不匹配。在1910年，严复曾这样写到他与莺娘之间不甚融洽的关系，“在天津，哪一天我不受她一二回冲撞。起先尚与她计较，至后知其性情如是，即亦不说罢了……此人真是无理可讲，不但向我漠然无情，饥寒痛痒不甚关怀”（《严复集》）。想必这些矛盾在严复家经常发生，究其原因很可能是双方面的，一方面严复在外受到各种挫折，另一方面的确是二人个性不合所造成。严复期望的是那种个性活泼的伴侣，“能言会笑”，“方不寂寞”（《严复集》），而莺娘显然不是此类女子。不和谐的婚姻令本就郁闷的严复更加郁闷。

在1893年，他在40不惑的时候竟然又返回福建原籍参加乡试，然而结果仍是落第。这表明，科考对于严复来说已经非功利性质的了，而是他心中一直未圆的一个梦想，与今人定要有张大学文凭方才像样的感觉是一样的。

正当他流连于科场的时候，1894年中日甲午战争爆发了，战争以中国的失败而告终，清廷被迫与日本签署了丧权辱国的《马关条约》。严复曾经在船政学堂的同学刘步蟾、邓世昌、林泰曾、林永升等等，全部在这场战争中命丧大海。

严复被眼前的惨祸震撼了，他血管中积蓄已久的爱国思想终于奔涌而出，他决定不再沉迷于科考，积极投身到救亡图存的伟大洪流中去。