小隆在世界初始之树核心位置正在观察艾伦，小隆心里想到如果是拥有波导力量的艾伦的话，应该可以抵挡住黄金盔甲的邪恶气息。小隆登上了世界初始之树的最高峰向远处的艾路德朗城望去，恰好见到了变化成比雕的梦幻带着皮卡丘和喵喵过来了，小隆就躲了起来。

不过看着处于昏迷状态的皮卡丘，小隆通过GS球向梦幻下达指令：“梦幻，在小智来这里之前，就麻烦你照顾皮卡丘了。”这时小隆再次回到了核心位置，对着处于世界初始之树封印中的艾伦说道：“艾伦，再等等，我很快就会救你出来了。”

就这样到了第二天，小智在路卡利欧带领下，来到了世界初始之树。小隆知道从小智等人进入世界初始之树的那一刻开始，他们就走进了危险，但是小隆并没有马上阻止世界初始之树，也要求梦幻不要立刻阻止。守护世界初始之树的三柱神也出现了。

雷吉洛克出现了，他使用破坏死光向小智等人发动了攻击，但是在路卡利欧波导弹的保护下，众人逃离了雷吉洛克的追捕。众人就这样进入了世界初始之树。而这时的小隆也在世界初始之树的某个位置注视着他们。

小智正在疑惑雷吉洛克为什么会突然攻击，路卡利欧解释道：“他是保护世界初始之树不受到外界的攻击。”小智他们来到了世界初始之树的正下方看到了各种各样的神奇宝贝，他们在祥和的生活。世界初始之树就这样保护着神奇宝贝。

“皮卡丘！！！”小智大喊。“皮卡皮~~~皮卡皮~~~”皮卡丘听到了小智的呼唤也回应这小智。可是这时候雷吉艾斯却向小智发动了攻击，而小智在路卡利欧的保护下成功的躲开了雷吉艾斯。小智等人躲开的时候却被雷吉洛克和雷吉斯奇鲁攻击，众人开始四处躲避三柱神的攻击。

而且就在这时世界初始之树的吞噬细胞也出现了，他们开始吞噬来自外界的生物，小智的同伴，小正，小遥，小刚都被吞噬了，但是路卡利欧遇上吞噬细胞的时候并没有被吞噬。也就是说神奇宝贝不算是细菌了。

经过小智和路卡利欧的努力终于和皮卡丘相见了。然而只顾高兴地小智和齐朵却被吞噬细胞所吞噬。

梦幻努力的让皮卡丘高兴起来，但是皮卡丘看着小智被吞噬，怎么也高兴不起来。

就在这时，梦幻通过GS球接收到了小隆的指令：“告诉世界初始之树，他们不是细菌。然后带路卡利欧到核心的位置。”“缪缪~”梦幻一直在等待着这个指令，梦幻用自己的力量告诉世界初始之树小智他们不是细菌以后。吞噬细胞吧小智等人都放了出来。

而小隆也告诉了三柱神，让三柱神对小智等人放行。

所有人都认为已经安全的时候，世界初始之树却有了崩塌地迹象。这时梦幻对着路卡利欧叫道：“缪缪~~”路卡利欧知道，现在想要拯救世界初始之树，就必须要将自己的波导力量传导给梦幻才行，而小智等人也随着梦幻来到了世界之树的核心位置。

众人在世界之树的核心位置看到了被封印的艾伦，随后地上的时间之花受到路卡利欧波导的力量，将当年的影像传到过来。艾伦在这里将自己的波导交给了梦幻阻止了战争，然而艾伦却永远的被封印在这里了。这时路卡利欧同意