把金陵攻了下来。并于当天夜里就上奏报捷，满心以为会受几句赞扬，不料挨当头一棒。上谕指责曾国荃破城之日，不应立即返回雨花台大营，以致让千余太平军突围，语气相当严厉。事情发生后，曾国荃部下各将都埋怨赵烈文，以为是他起草的奏折中有不当言词引起的。赵烈文则认为，这与奏折言词无关，而完全是清政府有意苛求，左宗棠在攻破杭州城时陈炳文等十多万人突围而去，而清政府指责。幸好抓住了李秀成，否则曾国荃更无法下台。

　　但是，清政府并未就此了结，数日之后，清政府又追查天京金银下落，令曾国藩迅速查清，报明户部，以备拨用。尤其严重的是，上谕中直接点了曾国荃的名，对他提出严重警告。上谕说："曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名。惟所部堵将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。"这无疑是说，曾国藩兄弟如不知禁忌，就难以"永保勋名"，"长承恩眷"了。曾国藩当然能品出这些话的味道，掂出它的分量。何况，曾国荃确实非常骄傲，以为攻陷天京全是他一人的功劳。因而，攻陷天京前后，就成为曾国藩思想上最紧张的时期。他心里很明白，如何处理好同清政府的关系，已成为能否保持其权力和地位的关健，而正确认识并摆脱自己目前的这种政治处境，则是他面临的迫切问题。

　　所谓功高震主，当时的清政府，早已经对他和日益强大的湘军产生了戒备之心。曾国藩没有实权地征战了8年。在他的政治生涯里，相当一部分压力来自朝廷的疑忌，这使得他战战兢兢，如履薄冰。

　　在湘军攻克武汉时，咸丰皇帝很高兴，立即下旨，封曾国藩为湖北巡抚，并且夸奖曾国藩，说他虽然是一介书生，却能够立下大功。任命下达后又反悔，随即收回成命。咸丰帝仰天长叹："去了半个洪秀全，来了一个曾国藩。”咸丰皇帝之所以收回成命，正是考虑到曾国藩的号召力和凝聚力。

　　曾国藩以其敏锐的洞察力意识到了危机，心中不免有寒心。曾国藩曾对同乡知交刘蓉说过：我浴血奋战，受此猜忌，令人心寒；若被谋害，墓志铭里一定要替我鸣冤，否则死不瞑目。曾国藩深知要想做到精忠报国又要做到功成身退，是一件很困难的事情，古往今来能做到这点的人寥寥无几。曾国藩的想法在他的日记中屡屡表露：“日内因户部奏折似有意与此间为难，寸心抑郁不自得。用事太久，恐人疑我兵权太重、利权太大。意欲解去兵权，引退数年，以息疑谤，故本日具折请病，以明不敢久握童柄之义。”“接奉廷寄，因十二月十八日秦兵之败，霞仙革职。业经告病开缺之员，留办军务，致有此厄，宦途风波，真难测矣！然得回籍安处，脱然无累，犹为乱世居位者不幸中之幸。”